Come 1.785 microproteine stanno ridisegnando il proteoma umano: lo studio su Nature

Il TransCODE Consortium ha condotto uno studio sistematico su 7.264 open reading frame non canonici (ncORF) utilizzando 95.520 esperimenti di spettrometria di massa, identificando 1.785 microproteine precedentemente non registrate, aumentando del 9% il catalogo proteico umano. Questo lavoro ha introdotto il concetto di "peptideine", nuove entità classificatorie di microproteine con evidenze funzionali parziali, che completano la distinzione tra proteine canoniche e regioni non codificanti del genoma. L'analisi ha incluso uno studio evolutivo tramite il metodo ORF Relative Branch Length (ORBL), che ha sottolineato la conservazione biologica di molte microproteine, suggerendo potenziali funzioni cellulari essenziali. Il proteoma umano tradizionale comprende circa 19.500 geni codificanti proteine canoniche, ma il dark proteome rappresenta una vasta porzione di regioni genomiche - gli ncORF - che possono tradursi in microproteine non ancora annotate. Le peptideine, definite dal Consorzio, sono microproteine con funzioni ancora da chiarire ma con evidenza sperimentale di espressione. Un esempio è la peptideina derivata da OLMALINC, che mostra un fenotipo pan-essential influenzando la sopravvivenza cellulare. Inoltre, alcune peptideine vengono presentate dal sistema HLA e potrebbero rappresentare nuovi bersagli per l'immunoterapia oncologica, sebbene questi sviluppi siano ancora a uno stadio iniziale di ricerca. L'impatto dello studio è significativo ma non rivoluzionario: il numero di proteine umane è aumentato di circa il 9%, non raddoppiato, e le microproteine si distinguono per dimensioni ridotte e incerta funzione rispetto alle proteine canoniche. Inoltre, il dark proteome, a differenza del vecchio concetto di DNA spazzatura, indica molecole con potenziale biologico reale. Le risorse generate dal Consorzio sono pubblicamente disponibili su GENCODE e PeptideAtlas, fornendo un quadro condiviso che faciliterà ulteriori ricerche volte a caratterizzare e integrare queste nuove microproteine in ambiti diagnostici e terapeutici.