Università degli Studi di Padova – Selezione pubblica n. 2025S62, per titoli ed esami, al fine di reperire n. 1 Tecnologo di Ricerca di primo livello (categoria stipendiale pari a EP1), da assumere mediante contratto di lavoro a termine, a tempo pieno, per n. 24 mesi, in applicazione dell’art. 24-bis della Legge 30.12.2010, n. 240, e del C.C.N.L. del 19.04.2018, in quanto compatibile, presso il Dipartimento di Medicina Molecolare – DMM

La risorsa svolgerà attività di supporto tecnico alla ricerca in fase di progettazione degli esperimenti e di interpretazione dei risultati biologici, anche mediante l’utilizzo di tecnologie di virtualizzazione e containerizzazione (es. Git, Docker, Singularity) e l’utilizzo di sistemi di gestione dei carichi di lavoro su infrastrutture HPC (es. SLURM).
In particolare:

· gestione e sviluppo di piattaforme di calcolo avanzato per l’analisi di dati ad alta complessità, con particolare riferimento a dati omici, tra cui genomica, trascrittomica e proteomica;

· progettazione, implementazione e mantenimento di pipeline bioinformatiche automatizzate, scalabili e riproducibili, nonché dell’infrastruttura software necessaria alla loro esecuzione, integrando strumenti open-source e ambienti di programmazione scientifica (es. Python, C/C++, R);

· gestione di sistemi di calcolo locali e distribuiti, incluse infrastrutture cloud (es. AWS), con particolare attenzione alla sicurezza, alla gestione delle risorse e all’automazione dei processi;

·  applicazione di moderne pratiche di ingegneria del software (controllo di versione, test automatizzati, documentazione, flussi di lavoro di integrazione continua), modelli di dati strutturati e schemi di metadati per dati omici su larga scala;

· sviluppo di nuovi metodi e algoritmi computazionali (ad esempio, metodi di integrazione dei dati), insieme a software di analisi della qualità di produzione, utilizzando le migliori pratiche per il packaging e la distribuzione (ad esempio, Poetry, PyPI, conda);

·  manutenzione delle infrastrutture informatiche a supporto della ricerca e assistenza tecnica agli utenti.

Per lo svolgimento delle suddette attività, sono richieste le seguenti capacità professionali, conoscenze e competenze, anche mediante esperienza, nell’ambito della bioinformatica e del calcolo scientifico:
· approfondita conoscenza dei sistemi operativi basati su Linux e dell’amministrazione di sistemi di calcolo, sia locali sia distribuiti;
· conoscenza tecnica nell’ambito della gestione delle risorse HPC del Dipartimento di Medicina Molecolare dell’automazione, degli strumenti di virtualizzazione, di containerizzazione e di versioning del codice (es. Git, Docker, Singularity, AWS ECR);

· conoscenza in merito alla progettazione, alla gestione, all’implementazione e al mantenimento di pipeline di analisi complesse di dati biomedici e di sequenziamento, dell’infrastruttura software necessaria alla loro esecuzione, integrando strumenti open-source e ambienti di programmazione scientifica (es. Python, C/C++, R);

· familiarità con le pratiche di ingegneria del software e di collaborazione (ad esempio, flussi di lavoro basati su Git, revisione del codice, documentazione strutturata, test automatizzati);

· conoscenza dei principi della biologia molecolare, e dei principi di base delle tecniche sperimentali NGS, Illumina short-read sequencing, PacBio HiFi/Kinnex, Oxford Nanopore, esperimenti omici standard (WGS, WES, RNA-seq);

· orientamento all’utenza, sia interna (ricercatori) che esterna, attitudine al coordinamento tecnico del lavoro in team;
· conoscenza della lingua inglese (livello di riferimento B2).